คณะซี. เอ็ม. เอ. ได้เริ่มทำงานในประเทศไทยตั้งแต่ปี ค.ศ. 1929 ซึ่งใช้ชื่อเป็นภาษาไทยว่า ‘สยามมิชชั่น’ ในเวลานั้นคณะซี. เอ็ม. เอ. ได้ส่งมิชชันนารี 6 คนและพวกเขาได้เริ่มประกาศเรื่องพระเยซูคริสต์แก่ชาวบ้าน โดยการล่องแพไม้ไผ่ไปตามลำคลองของหมู่บ้านต่าง ๆ ในปี ค.ศ. 1950 พวกเขาได้เยียวยารักษาคนไทยที่เป็นโรคเรื้อนนับพันคน และได้ก่อตั้งโรงเรียนเพื่อสอนพระคัมภีร์ให้แก่เด็กโรคเรื้อน ซึ่งเป็นหลักสูตร 4 ปี จากจำนวนมิชชันนารี 6 คน พวกเขาได้ก่อตั้งคริสตจักรในประเทศไทยกว่า 110 แห่ง และมีสมาชิกกว่า 7,000 คนในช่วง 20 ปีแรก เมื่อปี 2001 คณะซี. เอ็ม. เอ. ประเทศไทย หรือสยามมิชชั่นในประเทศไทยก่อตั้งกลุ่มช่วยเหลือคู่แต่งงานภายใต้ชื่อ แอลมา (ALMA) โครงการนี้มีเป้าหมายช่วยคู่แต่งงานไม่ต้องหย่าร้างและนำไปสู่การนับถือพระเยซูคริสต์